Alles fängt damit an das man in einer Klon-Kapsel als Baby erwacht. Man wird in dem Intro über seinen Klon informiert, über seinen Team-Mitgliedern/Brüdern.

Deine erste Mission spielt sich auf Geonosis ab, wo du alleine den untelegenden normalen Truppen helfen musst. Im laufe des Spiels triffst du auf Geonoasianer und B1-Kampfdroiden die noch sonderlich schwach sind. Bald verbindest du dich mit RC-1262 "Scorch" (Englisch: Versengen, den Namen erhielt er weil er seinem Ausbilder ,Walon Vau, und sich selbst bei einer Sprengübung die Augenbrauen verbrannt hat). Im weiteren Verlauf triffst du noch auf RC-1140 "Fixxer" (im englischem Fixer) und RC-1207 "Seiben" (in der englischen Version heißt er Sev)